Los antecedentes de CIDEIM se remontan a un programa de cooperación técnica entre la Universidad de Tulane y la Universidad del Valle durante el período comprendido entre 1961 y 1975.  Este programa involucró una gama amplia de investigación en salud que incluía nutrición y metabolismo, antropología social, fisiología de reproducción, psiquiatría y sanidad ambiental, además de enfermedades transmisibles.

En 1975 finaliza el programa de cooperación técnica bilateral con la Universidad del Valle y se inicia un programa de cooperación multilateral entre la Universidad de Tulane y COLCIENCIAS, el cual se prolonga hasta 1989. En esta etapa los trabajos del CIDEIM se concentran en estudios sobre la interpelación entre la respuesta inmune y la nutrición, particularmente la eficacia de vacunas en niños con desnutrición leve y moderada. También se llevan a cabo investigaciones sobre filariasis, leishmaniasis y tripanosomiasis americana.

A finales de 1989 finaliza la misión técnica de la Universidad de Tulane y surge la Fundación CIDEIM, una institución vallecaucana de carácter nacional con proyección internacional.  Esto fue posible gracias al apoyo de la Organización Mundial de la Salud (OMS), al respaldo de Colciencias y al esfuerzo del grupo de investigadores y trabajadores que conformaban CIDEIM.  En este proceso fue fundamental el concurso de líderes académicos y cívicos del departamento del Valle y del país.

En ese momento se decidió concentrar esfuerzos en desarrollar un modelo de investigación interdisciplinaria en enfermedades infecciosas, ajustado a las fortalezas y debilidades de la naciente organización autónoma, utilizando como ejemplo la leishmaniasis. Se enfocaron entonces todas las capacidades disciplinarias hacia distintos problemas relacionados con una sola enfermedad y se dio inicio al proceso de capacitación de la planta de investigadores. El financiamiento internacional y los alentadores resultados obtenidos a través de la estrategia organizativa interdisciplinaria en leishmaniasis, así como el imperativo de responder a otros problemas prioritarios de salud, impulsaron el desarrollo de nuevas líneas de investigación en tuberculosis y en resistencia biológica en los años siguientes.

El ímpetu logrado por el grupo recibió un respaldo patrimonial significativo cuando,  en 1994, el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología autorizó a COLCIENCIAS para que apoyara a CIDEIM entregando como aporte de capital el inmueble donde trabajaba el grupo.  Esto da origen a la transformación de la Fundación en la Corporación CIDEIM, la cual es una corporación mixta de investigación, de acuerdo con lo previsto en la Ley de Ciencia y Tecnología.  Este hecho también fue símbolo de la apropiación de CIDEIM como insumo nacional.

La Alianza con la Universidad Icesi, en 2008, fortalece al centro con un nuevo edificio dotado con la tecnología e infraestructura necesarias para afrontar con éxito los retos de investigación de este milenio. Con esta nueva alianza contribuimos a los programas de Medicina y Ciencias Naturales de la Universidad Icesi, siendo un punto focal donde el talento colombiano desarrolla su potencial e interactúa con la comunidad científica internacional.