CIDEIM impulsa estrategias y dinámicas de colaboración con instituciones públicas y privadas, académicas, de servicios y médicas. Nuestro modelo de trabajo procura esfuerzos en red, convenios y alianzas para llevar a cabo nuestra misión.

• Forma parte de la Asociación de Centros Autónomos de Investigación y Desarrollo Tecnológico integrada por la Corporación para la Investigación de la Corrosión (CIC), la Corporación para Investigaciones Biomédicas (CIB), el Centro Internacional de Física (CIF), Corpogen y el Instituto de Capacitación e Investigación del Plástico y del Caucho (ICIPC).
• Participa en la Alianza para la Vigilancia y Terapéutica de la Leishmaniasis (VyTAL).
• Lidera el Grupo para el Estudio de la Resistencia Nosocomial en Colombia, conformada por 22 instituciones hospitalarias de alto nivel de complejidad en 9 ciudades capitales.
• Participa activamente en la Red Amazónica de Vigilancia de Resistencia a las Drogas Antimaláricas (RAVREDA) y es  miembro de la Red Mundial de Resistencia a Antimaláricos (WWARN - World Wide Antimalarial Resistance Network).
• Es miembro de la Red Inter-regional de Centros de Referencia para Buenas Prácticas en la Investigación.
• Lidera la Red Nacional para Fortalecer Programas de Postgrado en Ciencias Biomédicas.

"Acercarnos es un comienzo. Mantenernos unidos es progreso. Trabajar juntos significa el éxito". Henry Ford